Басаев вместе с Хаттабом начинают опутывать Чечню сетью джамаатов — боевых организаций, насквозь пропитанных идеями ваххабизма. Во главе их стоят амиры — полевые командиры, которым безраздельно подчиняются как рядовые боевики, так и местное население. В республике открывается несколько десятков исламских медресе, где арабские наставники проповедуют местным молодым мусульманам свою науку: как правильно понимать ислам, правильно молиться, исполнять обряды. Поначалу все выглядит довольно пристойно: чтение Корана, проповеди, молитвы. Однако со временем здесь все большее значение уделяется физической подготовке и урокам рукопашного боя: свою веру нужно уметь защищать.
Бедная и прозябающая от безделья молодежь потянулась в эти медресе. Постепенно проповеди становятся агрессивнее. Все чаще арабские наставники повторяют, что мусульман в России притесняют, что мусульманам нужно объединяться и жить по шариатским, а не по светским законам, что официальная организация — Духовное Управление Мусульман — прогнившая и коррумпированная структура, которая дружит с властью и не заботится о бедных. На арабские деньги не только в Чечне, но и Дагестане, Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии, Ингушетии строятся новые мечети, в которых агрессивные имамы проповедуют идеи ваххабизма, призывают к созданию на Северном Кавказе независимого мусульманского королевства — Халифата. Молодежь, прошедшую идеологическую подготовку, направляют «на стажировку» в лагеря Хаттаба «Кавказ», «Талибан», «Мустафаджират» и другие, расположенные под Урус-Мартаном и Сержень-Юртом. Именно из этих бойцов Басаев и Хаттаб сформируют впоследствии свои боевые отряды, которые в августе 1999 года вторгнутся в Дагестан.